A solução foi muito simples:
Primeiro, desligue o thunderbird
vá para a pasta de configuração do thunderbird:
cd ~/.thunderbird/
abra sua pasta de perfil:
~/.thunderbird ls
88qcri7r.default appreg Crash Reports profiles.ini
cd 88qcri7r.default
e remova o global-messages-db.sqlite
em seguida, reinicie o thunderbird e comece a verificar o status da indexação em Tools>Activity Manager