Você está tentando configurar o Virtualmin manualmente? O script de instalação deve ter configurado isso corretamente para você; ele deve ser $ HOME / Maildir (supondo que você não tenha motivos para usar o antigo formato de mailbox da mbox). Não faz sentido usar um spool de correio tradicional em var dentro da casa do usuário.
Se você estiver configurando manualmente, estará em um longo dia. Essa opção específica precisa ser configurada em: Postfix, Procmail, Usermin e Dovecot. Praticamente todos os serviços que tocam no correio precisam saber onde o correio está.
A próxima versão do instalador permite que serviços individuais (web, correio, bancos de dados, etc.) sejam ativados e configurados independentemente a qualquer momento após a instalação. Mas, por enquanto, não tenho um script fácil para apontar para você que irá configurar automaticamente o seu e-mail (há um script de configuração de e-mail antigo aqui: link mas é tão antigo que eu não recomendo para nada além de uma referência para fazer as etapas manualmente). Se este for um sistema novo, e ainda não estiver em serviço, recomendo que você comece de novo e use o script de instalação e simplesmente deixe que ele configure as mensagens para você.
Se você usou o script de instalação, e apenas alterou essa opção ... apenas altere-a de volta (provavelmente na configuração do Postfix, em main.cf, a menos que você esteja usando outro servidor de e-mail) para o padrão ($ HOME / Maildir).
Se você usou o script de instalação e não alterou essa opção, pode haver um bug, mas não vi ninguém denunciando isso. Qual SO e versão você está usando?