Eu tentei a versão 4.11.0 do kernel, que é a última versão estável no momento, como sugerido nos comentários da pergunta. Havia algumas novas opções relacionadas à reinicialização e agora funciona.
Eu não investiguei mais os detalhes, então não posso dizer se algo foi quebrado e, em seguida, corrigi-lo novamente ou se a versão 4.1.18 poderia ter sido corrigida com a configuração correta.