não parece que você tenha instalado o i3 a partir do que eu vejo, então você deve:
apt-get install i3
Então:
update-alternatives --install /usr/bin/x-session-manager x-session-manager /usr/bin/i3 60
O 60 no final define a prioridade maior que o padrão, que é 50 para o gnome, então você deve fazer o login automático no i3 naquele ponto sem ter que selecionar o i3, se isso fizer sentido.