Ok, resolvi o problema. Descobriu-se que -e flag executa um comando sem realmente lançar o interactive bash shell, o que significa que o bash não lê .bashrc na inicialização.
Como base16-shell inicializa o tema do terminal (que é de fato uma dependência do tema base16 do vim) executando um script de .bashrc no final nvim é lançado com cores padrão (como dependência não carregada e base16- vim não pode inicializar corretamente).
Portanto, a solução é lançar o bash shell interativo explicitamente para ler .bashrc e carregar o tema base16 e somente após esse lançamento nvim (que é aliado para vim na minha ocasião).
Aqui está o script inteiro:
#!/usr/bin/env bash
# -hold urxvt option is not needed as vim stays running
# -i bash option to run interactively
exec urxvt -e bash -i -c "vim"