1- você precisa descobrir qual sistema de arquivos é.
2- verifique se o sistema de arquivos está consertado. Faça isso em algum sistema proprietário ou tente com fsck
(mas o Linux não pode reparar todos os sistemas de arquivos)
3- então eu acho que você pode deletar o diretório, ou o diretório sumiu (porque ele já foi parcialmente removido).
Eu assumo que seu sistema de arquivos está em um estado inconsistente.