Um volume lógico não é a mesma coisa que um sistema de arquivos. Um sistema de arquivos pode ser apenas uma pequena parte de um volume lógico.
O mais provável é que o sistema de arquivos não abranja todo o volume e você terá que redimensionar a partição, as informações do LVM e, em seguida, redimensionar o sistema de arquivos (com resize2fs).
ou se você estiver usando EXT3 ou EXT4, pode ser simplesmente que o espaço seja reservado para serviços raiz e de sistema, caso em que você pode usar o tune2fs para recuperar o espaço.
Você pode verificar quanto é reservado com:
sudo tune2fs -l /dev/sda1 | grep 'Reserved block count'
(Substitua sda1 pelo disco atual).