Escreva um pequeno bash wrapper em torno desse arquivo e use sed para substituir as variáveis pelos valores reais antes de executar o arquivo sql.
Exemplo com valores codificados:
#!/bin/bash
SQL_SPOOL_LOG_DIR="/path/to/log/dir"
SQL_CUSTOM_SQL_DIR="/path/to/sql/dir"
sed -i 's|$SQL_SPOOL_LOG_DIR|'"$SQL_SPOOL_LOG_DIR"'|g' a.sql
sed -i 's|$SQL_CUSTOM_SQL_DIR|'"$SQL_CUSTOM_SQL_DIR"'|g' a.sql
mysql < a.sql #example