Estou usando o comando abaixo para comparar os 2 arquivos na máquina linux. Eu posso ver a impressão das diferenças, mas há algum problema de alinhamento.
Abaixo está a saída do exemplo que obtive quando fiz o vim -d e neste exemplo eu posso ver que as linhas 146 e 147 estão presentes em ambos os arquivos mas quando está fazendo o diff não está alinhado corretamente e está sendo exibido em um linhas diferentes.
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