Basta fazer tudo no awk:
df -kP | awk 'NR > 1 { gsub("%","",$5); if (0 + $5 > 90) { system("echo " $6 " is too high") }}'
Aqui estamos manipulando $5 como você era antes, mas usando gsub() para retirar o sinal % , NR > 1 para cuidar do sed e depois forçar $ 5 para ser visto como integer, nós o comparamos com um valor mágico de 90; se true, então chamamos um comando do sistema (echo).