Considerando apenas a tabela de partições GPT, você deve apostar um backup sensato com
export DISK=/dev/sda
echo -e "b\n/tmp/gpt-backup-"${DISK##*/}"\nq\n" | gdisk $DISK
Mas este backup está em formato binário.
Para os meus propósitos, eu sempre prefiro um simples gdisk -l /dev/sda
. A menos que você precise restaurar exatamente o mesmo dispositivo, um backup de texto é a melhor opção, já que você precisa se ajustar de qualquer maneira.
Na minha experiência pessoal, sempre precisei restaurar o conteúdo, mas o tipo de sistema de arquivos em si é geralmente irrelevante. Você pode restaurar a partir de um backup baseado em rsync, desde que o ponto de montagem de destino se adapte aos dados que você deseja restaurar e ofereça os mesmos recursos de antes (ACLs, atributos estendidos, hardlinks).
Em geral, a diretriz é fazer backup dos dados relevantes, não do layout preciso no disco. Isso mantém o processo simples, fácil de verificar e independente das especificidades não necessárias na praxis.