Suponho que você tenha um servidor da Web em cada subdomínio.
Parece que você quer criar dois registros A no seu dns, um para cada um dos seus sub-domínios.
Em seguida, você deseja configurar o servidor da Web de cada caixa e definir o domínio padrão para cada subdomínio. ie. box1 config webserver para servir box1.domain.com na caixa2 conig webserver para servir box2.domain.com