Você deve ter configurado o NetBeans para usar a instância do tomcat do sistema, que falha porque o NetBeans não tem e não deve ter permissão para gravar em /usr/share/...
(ou seja, não faça o que foi dito no (a) outro resposta (s)).
Em vez disso, configure o NetBeans para usar uma instância do tomcat em seu diretório pessoal, por exemplo, baixando um zip de seu site de download, extraindo-o e deixe o NetBeans encontrá-lo na configuração do servidor correspondente (suponha que você esteja procurando por um servidor da Web Java).