Tudo bem, eu descobri isso sozinho.
Eu deveria ter usado um lead /
antes dos nomes dos diretórios. Também teve que alterar */
para /*/
+ /app/
+ /config/
+ /database/
+ /public/
+ /resources/
+ /routes/
- .env
- /*/
E minha segunda pergunta está resolvida também. usando --filter=". ../filter.txt"