Parece que você tem diferentes configurações de cursor para o seu ambiente de desktop (Xfce) e seu servidor X (nesta configuração: sua área de trabalho).
Como o Xfce depende do GTK, ele armazenará suas configurações nas configurações do GTK. Existem outros aplicativos que não leem isso e precisam ser configurados.
Você pode criar um arquivo ~/.Xresources e inserir configurações referentes a esses aplicativos. Por exemplo, configurando seu cursor:
!Xcursor.theme: cursor-theme
Xcursor.size: 16
(Linhas que começam com ! são comentários.)
Depois disso, você precisa carregar essa configuração digitando ...
$ xrdb ~/.Xresources
Isso requer que xorg-xrdb esteja instalado.
Tenha em atenção que nem todas as aplicações podem aplicar estas alterações imediatamente, pelo que necessita de reiniciar estas aplicações. (Ou se não mudar para a área de trabalho, tente reiniciar o X.)
Você pode encontrar mais informações sobre recursos e configurações do X na página Wiki do Glorious Arch .
Se você quiser experimentar um pouco com recursos do X, recomendo que você instale o Urxvt terminal , que é um terminal muito bom e obtém sua configuração a partir dos recursos do X. Como alterar o material está documentado no artigo vinculado. Para testar as alterações, $ xrdb ~/.Xresources , feche e abra o terminal novamente para ver os efeitos.