Eu resolvo o problema. Eu usei gParted, digite: ext3
flag: bios_grub
. Depois disso, grub-install /dev/sXY
funciona perfeitamente.
Para iniciar o sistema com o grub no USB eu corro a linha de comando do grub e uso o seguinte:
grub> set root=(hd1,1)
grub> linux /vmlinuz-4.4.0-38-generic root=/dev/sda2
grub> initrd /initrd.img-4.4.0-38-generic
grub> boot