Eu acho que você está confundindo alguma coisa aqui. Você pode calcular um hash de toda a imagem ISO, e é uma boa ideia verificar isso antes de instalar a imagem ISO. Se é um verdadeiro hash criptográfico , acho que você está certo de que não haveria uma maneira de incorporar o hash do ISO dentro do ISO.
Mas para todos os arquivos contidos dentro do iso, não é problema, ao preparar o iso, calcular seus hashes e adicionar essa lista de hashes dentro do iso, ao lado dos arquivos. Eu não sei exatamente o que a verificação de integridade faz, mas faria todo o sentido verificar os hashes dos arquivos que ela contém. Se você já verificou o hash do ISO, essa etapa não seria necessária, mas o instalador não sabe que você já fez isso.