Isso só funciona se o sistema embarcado do Linux puder também emular um dispositivo cliente USB ou implementar USB OTG ("on-the-go"), que pode alternar entre os dois modos. Muitos sistemas embarcados possuem USB OTG.
Se o seu dispositivo incorporado Linux funcionar apenas como um adaptador USB host, você nem poderá conectá-lo ao adaptador USB do host do PC, não importando o quanto seus drivers sejam reescritos, etc.
O USB é assimétrico por design.
Se você não insiste em conexão física com um cabo USB, existem outras maneiras de fazer um sistema remoto agir como um cliente USB, por exemplo, usando usbip através de uma rede.