Considerando que, do ponto de vista do Linux, os volumes EBS são apenas dispositivos de bloco, você pode, na verdade, ir de qualquer maneira: LVM sobre LUKS ou LUKS sobre LVM.
Sua preocupação é certamente válida, o LVM no LUKS é um pouco complexo. Consulte o link
O LUKS no topo do LVM faz simplesmente coisas. Além disso, ele permite que você tenha volumes lógicos LVM não criptografados e criptografados simultaneamente, e você pode adicionar mais PE (extensão física) com backup de volumes do EBS no mesmo grupo de volume.