Para capturar a saída do comando gawk
e executar o comando com nomes de arquivos armazenados nas variáveis, basta fazer:
compareAwkOut=$(gawk -f $COMPARE_AWK_SCRIPT $filename1 $filename2)
Não ficou claro na sua pergunta, mas se os nomes dos arquivos forem armazenados em um arquivo chamado nas variáveis, isso pode ser o que você precisa:
filename1=$(cat $diffedRowFromFirstFile)
filename2=$(cat $diffedRowFromSecondFile)