Se a sua ferramenta de linha de comando for interativa, você pode escrever um script expect -.
Nesse script, você pode "esperar" alguma saída (por exemplo, $> como o prompt do usuário) e, quando chegar, enviar um comando para o stdin de sua linha de comando.
Veja, por exemplo, o artigo da wikipedia link
Se a sua ferramenta não for interativa, você pode escrever um script simples (como mencionado no comentário), que irá chamar todos os comandos que você precisa usar, por exemplo:
#!/bin/bash
command1 arg1
command2 arg1 arg2
Quando você chamar este script via ./path/to/script , ele executará todos os comandos até que
- Deseja inserir algumas informações em
stdinou - terminou o último comando