na verdade o @fox estava certo, o script funciona muito bem, eu o modifiquei um pouco para acomodar as mudanças sugeridas por ele:
#!/bin/bash
# Script that concatenates all the files defined in concat_files.txt
path=/mnt/disk/video_evaluation/XDROOT/Clip/
sed -e "s@^@file '$path@" concat_files.txt > new.txt
sed -e "s/$/.MXF'/" new.txt > final.txt
ffmpeg -f concat -safe 0 -i final.txt -c copy $path/output.mxf
Agora, sinto falta apenas da funcionalidade para adicionar os arquivos com uma extensão específica para um arquivo.