É evidente que algo não está configurado automaticamente quando uma sessão é aberta.
Um exemplo seria um programa acessando / run / quando você não tem nenhuma sessão (no entanto, neste caso, a instância da tela contaria como um login).
Dado que você tem eCryptfs no seu diretório de origem, provavelmente é o culpado. Mesmo que o bloco de notas esteja em outro lugar, talvez ele esteja tentando acessar seu $ HOME por exemplo. lendo arquivos de configuração.
Dado que você já está executando os blocos de anotações em /var/sage/
, eu executaria export HOME=/var/sage/
para que ele seja o diretório home completo. Isso deve resolver os problemas.