Primeiro, altere todos os modelos AppVMs para o Fedora 23, para que eles não sejam excluídos após a remoção do modelo Debian 8. Considere fazer um backup de /var/lib/qubes/
onde todos os seus dados de VM estão armazenados.
No terminal dom0, digite
sudo yum remove qubes-template-debian-8
Isto irá remover o template Debian 8 instalado pelo repo. Agora você pode limpar o novo modelo por
sudo qubes-dom0-update qubes-template-debian-8
Depois de reboot
, tudo deve funcionar.