Se você quiser chamar o comando at de dentro de um script de shell, basta echo dos comandos que devem ser executados em um determinado horário em at :
echo "echo test > /tmp/at.test" | at now +5min
Isso executará echo test > /tmp/at.test em 5 minutos. Assim, espere 300 segundos e dê uma olhada em /tmp/at.test ; -)