Bem, depois de algumas horas de pesquisa e muitas soluções com falha no Google, finalmente encontrei algo que realmente funcionou. Os seguintes comandos realmente resolveram isso.
sudo gem install rack -v 1.6.0
sudo gem install rake -v 10.4.2
sudo gem install passenger -v 4.0.56
Aparentemente, é o que todo mundo estava dizendo sobre problemas de origem, mas suas soluções não estavam funcionando no meu caso.