Os dados exif não ajudaram aqui, nem pdfjoin .
LaTeX é a ferramenta certa para a tarefa no thread Como girar a imagem 90 se a altura for exagerada?
O caso em que ambas as dimensões da figura são maiores que o tamanho da página não é resolvido.
Eu acho que você não pode resolver o caso por exiftool e pdfjoin diretamente porque você tem que relacionar as imagens umas com as outras de forma que elas estejam bem orientadas na página.