Se ele não encontrar a biblioteca, mas ela estiver lá, talvez ela não pesquise no lugar certo. Adicionando algo assim:
export LD_LIBRARY_PATH="/opt/atom"
para você .profile ou .bashrc pode ajudar aqui, mas o problema pode ser diferente.
Ou talvez você deva mudar o caminho do átomo com o caminho do seu novo nó na sua variável de ambiente PATH.
Tudo depende de onde você instalou o novo nó, se você removeu o nó antigo e como etc. Aqui está meu tutorial sobre como instalar o Node a partir de fontes e como lidar com os caminhos. Talvez você possa compará-lo à maneira como você construiu e instalou o Node.