Use o pacote de formulários do programa align_image_stack hugin_tools. é normalmente usado para alinhar fotos para reação de imagem HDR, mas faz um ótimo trabalho para o que você precisa.
Você pode corrigir o deslocamento X / Y com este comando e, em seguida:
align_image_stack -v -i -a prefix reference.png offset.png
Opções usadas:
-v - modo detalhado
-i - corrige apenas o deslocamento X / Y (em relação à primeira imagem de entrada especificada).
-a - salva arquivos estabilizados em TIFFs no formato prefixo #### .tif , onde ##### é um número do formato de imagem 0 .
reference.png é o arquivo que você quer que seja a fonte de alinhamento, o offset.png é o arquivo que você deseja corrigir. O primeiro arquivo não será afetado, o segundo (e todo o resto) será correspondido ao primeiro.
Então, você só precisa converter o arquivo prefix0001.tif para o que precisar, e pronto!