A cor verde (por padrão) indica que o arquivo é executável. Se você executar ls *.mkv , poderá ver que os verdes têm pelo menos um dos bits de permissão x definidos. Embora isso não afete sua capacidade de reproduzir os arquivos de vídeo, faz sentido corrigir as permissões de acesso a eles (já que os arquivos de vídeo não devem ser executados nem como programas). Para remover a permissão executável de todos os arquivos .mkv no diretório atual, execute
chmod -x *.mkv