Isso é mais um comentário do que uma resposta. Eu já havia enfrentado situações parecidas no Ubuntu e no Debian. No meu caso, o kernel atualizado (4.6 no meu caso) por algum motivo não estava funcionando corretamente com a minha placa de vídeo Intel causando congelamento da tela aleatoriamente. Muito estranho já que o kernel anterior (4.4) e o próximo kernel (4.7) não tinham este problema.
Se a sua última atualização incluía uma atualização do kernel, você poderia inicializar com um kernel mais antigo para ver como funciona.