Espero que find
funcione de acordo com uma única chamada. Se não houver arquivos intermediários sendo criados, sugiro adicionar um prefixo bash (ou outro shell) para forçá-lo a ser executado em um sub-shell. Ou você pode tentar o seguinte:
for i in *.gpl
do
( gnuplot "$i" )
done
Os colchetes forçarão um sub-shell, mas não acho que seja necessário.