cada host virtual precisa de uma definição do log de erros e do log comum, sem que o log padrão seja usado, note também que vale a pena criar um vhost padrão que capture todo o tráfego que não seja de um dos seus domínios no seu site). Isso pode ter consequências ruins para a serp como é o conteúdo do dupe.
então, em cada vhost;
ErrorLog "logs/web1-error_log"
CustomLog "logs/web1-access_log" common
ErrorLog "logs/web2-error_log"
CustomLog "logs/web2-access_log" common
ATUALIZAÇÃO:
não viu a parte em não registrar um diretório em particular, isso seria obtido definindo um ambiente var.