Isso funcionará, pois você fará o backup de todos os seus dados, e eu recomendo que você faça o backup de seus dados. Eu pessoalmente uso este método para fazer backup de vários sistemas completos em pequenos ambientes (assim como seus dados variáveis), e ele funciona bem.
No entanto, isso não é um instantâneo para o qual você pode simplesmente voltar. Se você tiver que usá-lo para restaurar um sistema ou copiar um, você terá que construir a estrutura de partição e configurar o sistema de inicialização manualmente (assim como provavelmente editar o fstab para corresponder ao seu novo disco - além de alguns outros arquivos que eu possa ser esquecendo) antes essencialmente invertendo este comando e restaurando o conteúdo daquele sistema de arquivos.
Agora, não há nada de errado com isso. É um pouco manual, mas certamente menos manual do que reconstruir um sistema operacional inteiro. Pode levar dois ou três minutos se você estiver realmente acostumado com isso e não se deparar com problemas (sem contar o tempo que leva para copiar as coisas de volta, é claro).
Dito isso, essa ainda é uma ótima maneira de fazer backup de seus dados, mesmo se você estiver usando outros métodos para fazer backup de todo o sistema, já que precisa ser capaz de obter isso em uma base por arquivo, em vez de por imagem. No entanto, para backups do sistema, descubro que uma imagem completa do disco do SO - estruturas de inicialização e tudo mais - é muito conveniente.
Para este tipo de backup, eu uso o ReaR ( link ) na maioria dos ambientes pequenos (< 10 máquinas). É muito simples de usar e fácil de implantar. Ele fará uma imagem da sua máquina em que você pode voltar a qualquer momento, e até mesmo fornece shells interativos legais para fazer isso. É ótimo para deixar no lugar, como a maioria das pessoas pode ir até ele e usá-lo.