Eu percebi isso. Tanto quanto eu posso dizer openbox não permitirá sudo (ou gksudo ou qualquer coisa do tipo) em seu início automático. chmod +s
no executável é a maneira que eu forcei a execução do aplicativo como root. Ele também não funcionou no começo, porque no qt5 (que foi usado para construir o aplicativo) você não pode usar o suid por padrão - eu tive que mudá-lo em código.