Você ainda pode ver o processo PHP
em execução porque se tornou um processo: um programa em execução que já carregou o código.
Mesmo que esse código seja excluído, se o processo estiver em execução, ele não terá consequências no processo em execução, que já usa sua própria cópia carregada do código.
Para a recuperação de dados, dê uma olhada em uma das ferramentas vinculadas aqui: File Recovery