Isso parece um comportamento estranho, especialmente porque o banshee manipula os ipods muito bem.
Como uma correção temporária, você pode usar o gtkpod (no centro de software). Este é provavelmente o manipulador de ipod mais abrangente para o Linux. A partir daqui, você deve poder excluir arquivos e / ou reparar a biblioteca.
Se isso não funcionar, existem maneiras (bastante complicadas) de restaurar seu ipod no linux, mas sugiro que você encontre um amigo com o itunes e faça isso lá.