Em geral, isso não é possível.
O Desktop Environment (DE), o Cinnamon no seu caso, só é capaz de fazer coisas como desenhar uma janela, desenhar um botão, decorar tudo, empilhar janelas e todas as outras coisas que você esperaria fazer com o Windows. Não acompanha as aplicações individuais.
Os aplicativos individuais só fazem solicitações ao DE para desenhar os vários itens: janelas, botões, etc. Os aplicativos não estão cientes de para que DE eles estão fazendo essas solicitações.
Seu tema é uma configuração dentro do DE.
No início eu disse " em geral ". Existem aplicativos que lidam com o próprio desenho da interface do usuário: todo o material da janela. Eles não entregam essa tarefa para o DE. Eles são quaisquer aplicativos que, quando você os executa, parecem desativados . A maioria das distribuições se esforça para tornar tudo transparente. Na distro LM, isso é feito com as introduções do X-Apps.
Alguma leitura adicional: