O gerenciador de inicialização do Windows não pode inicializar as partições do Linux e, quando você instala o Windows, o gerenciador de inicialização sobrescreve o registro mestre de inicialização (MBR) da unidade. O MBR informa ao bios onde / o que inicializar, se você quiser continuar usando o grub, você deve reinstalá-lo sobre o MBR do Windows. Isto pode ser feito facilmente a partir de qualquer live cd das distribuições linux que tenha o grub instalado. Aqui é um guia sobre como fazer isso com o live cd do ubuntu.