As opções de inicialização no seu BIOS especificam a ordem na qual seu computador verifica o primeiro programa a ser executado (seja um gerenciador de inicialização, sistema operacional ou instalador). A maneira como seu BIOS está configurado parece bem já. Normalmente, você inicia o computador sem nada na unidade de CD. Nesse caso, sua BIOS não encontrará nada no CD-ROM e, em seguida, procederá para verificar o disco rígido, onde ele encontra o Windows 7 e as botas.
Quanto às opções de particionamento, a opção de instalar junto com outros sistemas operacionais parece ser a menos provável de causar danos. No entanto, eu não acho que o instalador será inteligente o suficiente para usar a partição "E" automaticamente.
Deve ser bom ir para as opções avançadas e especificar manualmente para instalar na partição E. Eu recomendaria ler um tutorial ou guia sobre como a seção avançada no instalador aqui funciona. O que você não quer fazer é formatar suas partições do Windows ou do Media.
Além disso, ter o gerenciador de inicialização Grub (que é o que o instalador do Ubuntu irá instalar) normalmente não irá bagunçar a inicialização em sua partição do Windows 7. É muito bom sobre essas coisas e detectará automaticamente essa partição e permitirá que você a selecione quando ligar o computador. Ainda assim, se acontecer alguma coisa em que você não possa inicializar no Windows 7, poderá inicializar a partir do instalador do DVD do Windows 7 e clicar em "reparar meu computador", que reinstalará o carregador de inicialização do Windows 7 (no ponto em que você precisará usar algo como EasyBCD para dizer ao bootloader do Windows 7 sobre sua instalação do Ubuntu, já que ela não é tão inteligente).