Você está pensando demais sobre o problema.
Considere os dois gateways para as duas interfaces (os gateways, não os endereços IP das próprias interfaces)
gweth0=192.168.1.254
gwtun0=10.1.1.1
Você pode rotear isso assim
route add default gw $gwtun0
route add -host x.x.x.x gw $gweth0
route add -host x.x.x.y gw $gweth0
Você pode até rotear sub-redes inteiras
route add -net a.b.c.d/24 gw $gweth0
O material iptables ... MASQUERADE
só é necessário se você precisar reescrever os endereços IP. De um único cliente que é improvável.