Em ~/.bash_logout , faça
eval $(ssh-agent -k)
Como alternativa, para não- bash shells, inicie ssh-agent com
if [ -z "$SSH_AUTH_SOCK" ]; then
ssh-agent myshell
fi
em que myshell é, e. dash ou ksh93 ou qualquer outra coisa.
Faça isso no final do seu arquivo de inicialização do shell de login , geralmente ~/.profile . O agente irá morrer quando você sair.
Para limpar um monte de ssh-agent de processos que foram erroneamente iniciados (isso matará todos deles):
$ pkill ssh-agent