Eu encontrei uma solução, ter entradas declaradas apenas uma vez e manter a ordem correta.
Eu não sei se esta é a melhor maneira de fazer isso, mas este código abaixo funciona:
<Menu>
<!--find *.desktop files-->
<DefaultAppDirs />
<DefaultDirectoryDirs/>
<Include>
<All/>
</Include>
<Layout>
<Filename>sublime_text.desktop</Filename>
<Filename>xfce-settings-manager.desktop</Filename>
<Filename>exo-web-browser.desktop</Filename>
<Filename>exo-terminal-emulator.desktop</Filename>
....
</Layout>
</menu>