Você está no caminho certo, pois o seu script faz exatamente o que você quer.
Pode ser simplificado e melhorado um pouco como:
#!/bin/bash
mv $1 /media/storage/linked/ &&
ln -s /media/storage/linked/$1 .
O set -e não tem impacto, pois seus comandos já estão condicionais com o && .
Eu também substituí o cp e rm para mv , que manipula os dois automaticamente, seja na mesma partição ou não.