/var/log/messages
é normalmente gerenciado pelo daemon syslog, então é provável que sua ligação esteja configurada com o canal syslog padrão para o registro (consulte o "Manual de Referência do Administrador do BIND 9", seção 6.2.10.1). Em testes, mesmo com:
logging {
category default { default_debug; };
...
};
Algumas das mensagens de inicialização do BIND ainda foram enviadas para o syslog (para BIND 9.10 via MacPorts no Mac OS X), embora eu não tenha certeza do que registra no syslog que você está vendo ou por que eles são um problema.