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Sim, é possível excluir pacotes durante a atualização. Exemplo,
yum -x 'iptable*' -x 'php*' update
From
man yum,
−x, −−exclude=package
Exclude a specific package by name or glob from updates on all repositories. Configuration Option: exclude
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yum listapenas fornece todos os pacotes e pacotes disponíveis e instalados NÃO irá listar o RPM que a atualização do yum pretende instalar. Se você quiser verificar useyum list updates(verifique tambémman yumlista opções para mais detalhes).