Ejete sua unidade Flash inicializável e insira GParted
CD, verifique quais dos dispositivos / partições têm o sinalizador boot
ativado, se for diferente de seu HDD nativo (que costumava / deveria estar), revert & ; salve (não deixe o flash ser inicializável) e tente reiniciar. O seu HDD já tem o grub, ele pode estar apontando apenas através do flash enquanto você atualiza.
Se o problema persistir, conecte o flash novamente e instale-o em ambos.
este pode ser de algum uso.