Se o seu comando funcionar, basta colocá-lo em $HOME/.bashrc se você estiver usando um shell bash.
$HOME será /root para raiz, /home/XYZ para usuário XYZ etc.
Para o comando ls , você pode criar um alias assim (novamente, em bashrc):
alias ls='ls --color=auto'
Você também pode fornecer o arquivo .bashrc no seu shell atual se, por algum motivo, não quiser gerar um novo.