Em primeiro lugar, como disse o ddeimeke, os alias por padrão não são expandidos em shells não interativos.
Segundo, .bashrc
não é lido por shells não interativos, a menos que você defina a variável de ambiente BASH_ENV
.
Mas o mais importante: não faça isso! Por favor? Um dia, você moverá esse script para algum lugar em que os aliases necessários não estejam definidos e ele será quebrado novamente.
Em vez disso, defina e use variáveis de ambiente como atalhos no seu script:
#!/bin/bash
CMDA=/path/to/gizmo
CMDB=/path/to/huzzah.sh
for file in "$@"
do
$CMDA "$file"
$CMDB "$file"
done