Conte e compare arquivos no Linux

Question

Eu quero apenas comparar o número de linhas em dois arquivos. Abaixo está a lista de nomes de arquivos. Um arquivo contém nomes / localização de arquivos fastq; o outro arquivo contém nomes / localização de arquivos bam.

Arquivo1 (consiste em arquivos fastq)

/tmp/564105.1.standard.q/FASTQ/Sample_ATLL2456T1_spleen_R1.fastq.gz
/tmp/564105.1.standard.q/FASTQ/Sample_ATLL2456T1_tumor_R1.fastq.gz
/tmp/564105.1.standard.q/FASTQ/Sample_TALL3139T1_1023_R1.fastq.gz

Arquivo2 (consiste em arquivos bam)

/tmp/564105.1.standard.q/starfusion_dest/Sample_ATLL2456T1_tumor_R1.fastq./Aligned.sortedByCoord.out.bam
/tmp/564105.1.standard.q/starfusion_dest/Sample_TALL3139T1_1023_R1.fastq./Aligned.sortedByCoord.out.bam
/tmp/564105.1.standard.q/starfusion_dest/Sample_ATLL2456T1_spleen_R1.fastq./Aligned.sortedByCoord.out.bam

Código:

if [ "wc -l $File1" == "wc -l $File2" ] ; then
  echo "Bam files from File2 do exist for each sample"
else
  echo "Bam files do not exist for every sample"
fi

Existe algum erro no meu código, pois eu sempre obtenho a declaração de outra forma que é "arquivos Bam não existem", enquanto a contagem permanece igual em ambos os arquivos1 e2.